No soy especialista en el uso de filtros ND, pero lo que tengo entendido es que la diferencia entre unos filtros y otros, según marcas y calidades es abismal. Hay filtros económicos que producen aberraciones y hay otros de alta calidad que prácticamente no lo hacen. Te lo digo porque a veces el problema es el filtro. Esto unido a que estés realizando tomas con contraluces y mucho contraste, que es lo que más halos produce, pues tienes todas las papeletas para tener problemas.
Como te ha dicho loti, hay programas que ayudan mucho a minimizar el efecto de los halos como son el ACR y el Lightroom (y supongo que otros que no he probado).
Yo utilizo un Hoya ND1000 (poco, la verdad) y no me ha dado problemas de este tipo. También tengo un Cokin ND8, pero no va tan bien.