Pues depende.
Si no vas a tocarlos prácticamente nada, salvo ajustar un poco exposición, luces y sombras, los JPEG de las Fuji son una delicia. Especialmente los de la X100. Si no, mejor el RAW y a partir de él convertirlo a BN por alguno de los métodos existentes.
De todas formas nunca uso sólo JPEG, sino que pongo RAW+JPEG y BN, de esta forma tengo ambos formatos. Si el JPEG BN resultante me gusta, me quedo con él. Sino, siempre tendré el RAW para trabajármelo.
Un abrazo.