Yo le doy a esta pregunta otro enfoque. Es como si me preguntaran si es mejor un ferrari o un hummer. Los dos son estupendos, pero para cosas muy distintas. Una discusión entre estos dos modelos de cámaras, yo no la enfocaría desde el prisma de la calidad, que en ambas es espectacular, sino pensando en para qué son buenas. Para quien no quiera un dolor de cabeza, puede leer los dos últimos párrafos y ahorrarse las "batallitas".
Antes de seguir, deciros que tuve la Canon 5D cuando salió, y acabé vendiéndola con todos los objetivos Canon que tenía. Las fotos que hacía eran de una calidad increible, pero yo venía de una humilde Olympus E-1, de mucha peor calidad de sensor y supongo que ópticas, pero con un manejo que, para mi gusto, rozaba la perfección. Después de acostumbrarme a la botonería externa de la Oly (todo se podía hacer apretando algún botón exterior, sin entrar en el menu) el sistema a base de menu de la Canon se me hacía impotable. Os lo cuento, no sólo para que veais lo friki que uno puede llegar a ser, si no también para resaltar que el gusto personal y el uso que se va a hacer de una cámara son fundamentales al elegirla.
Ahora soy el feliz poseedor de una Nikon D700, que para mi es la mejor amalgama de lo que fue mi Oly y la calidad de las "full format". Y siempre recalco el "para mi", que esto al final, para quienes no nos dedicamos a la fotografía profesional y no pasamos horas en post-producción, es una cuestión de gustos. También tengo la X-Pro1, pero a la venta porque, por motivos differentes al caso de la Canon 5D que tuve, no me acabo de hacer a ella.
Al grano. La X-Pro1 no es una cámara para cualquiera. Tiene un enfoque automático muy malo cuando se trata de enfocar objetos en movimiento. Algo va mejorando con las actualizaciones de firmware, pero nunca será buena en esto, no nos engañemos. La gente habla de que la X-Pro1 es buena para "street photography" y no estoy de acuerdo. Sí es una cámara muy ligera, con objetivos pequeños y muy ligeros, fácil de transportar con todo el equipo, y de una calidad increíble, sobre todo teniendo en cuenta su tamaño, pero creo que la fotografía callejera implica poder disparar a matacaballo, y para eso falla el dichoso enfoque automático de la Fuji, que te exigirá componer tu foto, enfocar manualmente, y esperar pacientemente a que pase un sujeto por donde tú necesitas. Si quieres desplazarte con todo el equipo y vas a hacer fotos con todo el tiempo del mundo para enfocar, la Fuji es estupenda. Pero como quieras improvisar una foto porque algo inesperado se cruza en tu camino y tienes 3 segundos para intentar hacer la foto, es muy posible que la cámara no sea capaz de enfocar.
Si, como yo, eres caótico, te gusta llevar la cámara a cuestas sin saber de antemano qué vas a fotografiar, puedes sobrevivir llevando un sólo objetivo al que adaptas tus fotos, pero disparas mientras paseas, la Canon te permitirá más flexibilidad. Llevar la canon con 3 objetivos en una mochila, es tarea dura, eso sí, y yo no lo hago nunca con mi Nikon. Sí que lo he hecho con la Fuji, pero al final del día tenía muchas menos fotos que con la Nikon. Insisto una vez más en que en esto influye mucho el tipo de fotos que uno hace.
En cuanto a que la Fuji es menos intimidatoria para las personas a quienes fotografías por ser menor y más discreta, pues es posible. Pero cuando a alguien le cabrea que le hagan fotos, le va a molestar igual. A mi me pasaba con una Minox que me cabía en la palma de la mano. En Esmirna, Turquía, me acerqué a un verdulero jorobado (literalmente) para hacerle una foto, y si el mal de ojo existe, vaya si me lo echó. Estareis pensando que a quién se le ocurre hacer una foto a un pobre jorobado. Pues eso era mi versión de la "street photography" por aquel entonces, qué se le va a hacer. Y la cámara era tan pequeña, tan discreta...
Creo que la Canon es mucho más versátil en general (mejor para fotos de naturaleza, macro, deportiva). Para fotografía en movimiento, la Canon arrasa. Para retratos, quizá gane la Fuji por lo de que intimida menos. En un estudio de fotografía, no sé, porque desconozco ese mundo. La Fuji gana por goleada en tamaño y peso. En calidad, si no eres profesional, te va a sobrar con cualquiera de las dos. Difícil elección; lo ideal sería probar las dos y decidir después.
Espero haber contribuído a confundirte aún más.