Claro, pero ambos disparos han de hacerse con la misma iso, diafragma y tiempo de exposición. Yo diría que en tu caso no es así. Mira los datos exif y comprobarás que en la que disparas con filtro nd el tiempo de exposición es mayor, el iso es mayor o bien el diafragma está más abierto.
Igual que al poner un filtro nd de rosca, si la cámara está configurada con algún automatismo, sea el tiempo, el diafragma o el iso, va a ser ella la que decida la exposición, por lo tanto cambiará los parámetros entre la toma con filtro y sin filtro para exponer ambas "correctamente".
Es decir, para ver lo que muestras en la información de fuji, has de usar la cámara en manual y exponer correctamente con el filtro activado. Esa foto saldrá bien expuesta. Ahora, con los mismos parámetros, quitas el filtro y disparas, esa foto quedará sobreexpuesta.
En cualquier caso la función del nd es restar luz para que puedas usar tiempos más largos o diafragmas más abiertos sin sobreexponer si la situación lo requiere. Por ejemplo porque quieres fondos desenfocados en un exterior muy iluminado y estás al límite de la velocidad del obturador, o de la velocidad de sincronización del flash y no tienes HSS. O si quieres capturar un movimiento y no puedes o quieres cerrar más el diafragma, como pasa con el agua en la imagen que muestras.
Si lo único que quieres es oscurecer no necesitas un filtro, sólo compensar la exposición.