Sé que llego un poco tarde a este tema pero... acabo de mirar mi X-E2s y en modo manual con ISO automático SÍ puedo usar el dial para ajustar la exposición (que básicamente cambia el ISO calculado por la cámara al estar los otros dos valores fijos), de hecho es como suelo disparar normalmente, por eso me ha extrañado.
Has mirado que no tengas el dial de exposición configurado para cualquier otro parámetro dentro de los ajustes? De igual modo, estás usando la última versión del firmware?