No tengo la xpro ni he podido probar todavía mi xt1, así que no se cómo funcionan los perfiles de color. De todos modos mira a ver si en la cámara tienes algún tipo de perfil de color o de imágen seleccionado. Podría ser que la pantalla te muestre la imágen con el perfil de color aplicado, al igual que el programa de fuji, y el camera raw no, de ahí que te cambie la exposición. Lo raro es que solo te suceda con isos altas.
Otra prueba que puedes hacer es ir al apartado de calibración de camera del camerar raw, el que sale el icono de la cámara, y ahí prueba los diferentes perfiles de camara a ver si alguno se parece un poco más a lo que ves en la pantalla.