Sobre el papel, tendrás nitidez para aburrir con los dos. Dicho ésto, tomando la misma foto en las mejores condiciones verás algo más "nítido" al 90mm, lo cual es normal porque es un objetivo de focal fija nivel top.
Por otro lado, el 90mm, por no ser estabilizado, es muchísimo más propenso a trepidaciones, con lo cual de cada 1000 fotos que hagas acabarás teniendo más fotos nítidas con el zoom que con el fijo. El 90mm es un objetivo para exteriores y con buena luz (artificial o natural). Para ir tranquilo con la nitidez, con el 90 tendrás que disparar, por lo general, a 1/250 y eso hay que tenerlo en cuenta.
Además, si usas un modo de auto-iso con velocidad mínima de 1/125 para todos tus objetivos, como hacen muchos fujistas, con el 90 es una opción poco recomendable y te obligará a ir cambiando a otro modo de auto-iso con mayor velocidad mínima y eso también hay que tenerlo en cuenta si usas ese modo de exposición.
No dejes de comparar tampoco como resuelven ambos las partes no enfocadas de la foto porque al final se trata de dos objetivos retrateros pensados para tirarse a máxima apertura. El bokeh del zoom es un poco especial y puede que no te guste en todas las fotos. Algunos dirán que directamente no les gusta ese bokeh. En cambio el del 90mm es fantástico.
Por otro lado están las diferencias en precio, tamaño, peso, etc. Espero haberte ayudado a tener aún más dudas, que para eso estamos jajaja