Sin duda la opción raw es mejor, más posibilidades de "estrujar" la foto.
Yo actualmente revelo los raw en sylkipix, ajusto la sólo la exposicion, luego convierto a tiff y termino de editarlo en otro programa (uso mucho el NX2 de nikon por su facilidad de ajuste con los puntos de control).
Lightroom me ha dejado decepcionado con el revelado de los fuji X-trans, a poco que le metas un poco de caña se "acuareliza" el resultado (probado con lightroom 5).
Haced una prueba: revelad sin ajuste alguno un raw de fuji con ambos, aumentad al 200% y comprobad el grado de detalle en ambas tomas.
Sylkypix saca mucho más detalle que lightroom