Canon tiene el mejor sistema de AF en cuanto a su potencial.
Todos los pixels en Canon son pixels AF, excepto en los bordes más extremos de la imagen. Eso permite cubrir todo el sensor y tener infinidad de puntos de enfoque uniformemente distribuidos por todo el sensor (el 80% central del mismo) y todos iguales.
No necesita tener pixels dedicados sólo al enfoque y que han de ser interpolados de los vecinos ni hay zonas de enfoque diferentes.
Sólo los pixels de los bordes no pueden participar en eso (imagino que porque la luz les llega demasiado inclinada).
Cada fotosito está dividido en dos y ambos cubiertes por la microlente y en la fase de enfoque entregan señales por separado, la diferencia de señal le permite a la cámara medir cómo de desenfocada está la imagen en ese pixel. A la hora de la toma ambas señales se combinan.
Cada pixel es pues un pixel de enfoque y en eso no hay sistema que le supere actualmente, en la capacidad bruta de enfoque en cualquier zona y en el número de puntos de enfoque que puede manejar.
Otra cosa ya es luego la implementación del software de seguimiento y reconocimiento de objetos, que aunque tiene buena fama no pongo en duda que sony lo pueda hacer mejor.
Fuji no tenía muy buena fama en el enfoque continuo y de seguimiento, aunque las nuevas cámaras parece que han dado un salto cuántico en esas cosas y hacen un enfoque de seguimiento y continuo mucho mejor, como se comenta en las reviews de este mismo sitio.
Y entre ellas la XH2 y XH2s son las mejores.
Lo suyo es que la probaras antes de tomar ninguna decisión si tienes todo equipo Fuji.
Pasarse a Canon R6 para luego ponerle óptica EF (70-200 f2,8 imagino) no termino de verlo, pues la cámara es cara y la óptica EF tampoco lo regalan, y el adaptador también cuesta lo suyo, 120€ el básico y 220 el que tiene anillo de control (otra cosa es que tengas ya la óptica).
No lo haría sin probar primero como rinde la óptica EF que quieres con el adaptador de Canon.
No vaya a ser que te encuentres que funciona peor que la XH2 o la XT5 con los objetivos fuji (aunque los objetivos canon de su marca dicen que van bien con el adaptador de canon, salvo algunos contados y antiguos).
Entre todo ello te subirá un pico. De comprar R6 sería para usarlo con sus ópticas nativa y la optica 70-200 f2,8 R son casi 3000 pavos (tampoco el EF es barato la última versión ya costaba más de 2000, pero hay alternativas y versiones más antiguas mucho más económicas).
El f4 es ya más barato (1700) pero claro es f4...
Empieza por pensar el presupuesto que quieres dedicarle cíñete a eso y a los precios disponibles.
En reflex tiene más opciones y más económicas, pero realmente no sé si mejorarían con respecto a lo que ahora hay en fuji.
En su momento tenían gran fama, tanto la 7Dii en aps como la 1D, la 90D aps también tiene muy buena fama en enfoque, y la 80D sólo anda un poco por detrás de la 7Dii (que por llevar dos procesadores tiene un procesamiento algo más rápico aunque es más antigua que la 80D).
Pero ya digo dudo que realmente supongan a día de hoy mejor enfoque que las tope de gama de Fuji, lo suyo sería que lo probaras.